一、學術質量不盡理想

由于中國科技期刊的影響力普遍較低，因而在研究評價中不被重視，并由此而導致大量的高學術水平的稿件投向國外科技期刊發表，優秀稿件的大量外流客觀上使得中國科技期刊的學術影響力很難得到提高。

二、國際化程度比較低

我國的科技期刊在海外的發行量普遍較低，被國際性檢索系統檢索的期刊數量偏少，有自己獨立的、具豐富信息網站的期刊很少，并且缺乏向國際科學界展示自己的途徑，很難通過國際性學會或國際性會議等渠道提高期刊的顯示度。

三、出版質量有待提高

目前我國大多數科技期刊的運行機制是：從選題、組稿，到履行同行評議，以及編輯加工，甚至錄入排版、發行等，都是由編輯部具體承擔，這種小而全辦刊形式的直接后果就是編輯大多缺乏組織論文選題的時間和能力，使得編輯專業隊伍素質參差不齊，缺乏具備管理和策劃的綜合能力，編輯整體水平有待提高。許多編輯只能做到對來稿進行簡單的編輯加工，然后照樣排版發表。沒有對內容的基本理解和對每期編排的整體策劃，無法給專業讀者以啟發和引導。

四、經營管理簡單粗放

在我國，由于長期的計劃經濟和不重視期刊的產業化經營，只片面強調科技期刊的學術性、社會性，缺乏創新意識，忽視科技期刊的社會化程度，造成了宏觀體制上的有系無統的局面，微觀體制上的各自為政的小生產經營方式，嚴重地影響了科技期刊產業的發展?？萍计诳芾眢w制相對于科技事業發展滯后主要表現在：缺乏科學、先進的管理理念；管理工作不夠重視，重編輯、輕管理；管理體制和運行機制缺乏創新；管理方法與手段比較傳統、陳舊，與現代化傳媒產業發展不適應；管理人員素質有待提高。

五、效率低下維持溫飽

由于長期以來傳媒產業的事業定性，不注重經營，加上大鍋飯、鐵飯碗的思想，科技期刊產業缺乏經營意識，不知道如何開展經營活動，大多數科技期刊編輯部沒有專業的經營人才，收入主要依靠事業撥款、版面費。