影響因子現已成為國際上通用的期刊評價指標，它不僅是一種測度期刊有用性和顯示度的指標，而且也是測度期刊的學術水平，乃至論文質量的重要指標。影響因子是一個相對統計量。

一、學科間差異的影響

不同的學科由于其內在科研規律的不同，在做研究時所需引用他人的研究成果的數量也相差很遠，因而導致不同學科間統計的影響因子平均值差別較大。

二、不同體裁論文的影響

文獻綜述性文章是對前人研究成果的客觀評價與分析，包含的內容多，涉及到的文獻多，對后人進行同類科學研究具有指導性意義。但客觀評價，綜述性文章與原創性科學研究論文相比，其學術性較低。但正是由于綜述性文章后引用文獻較多，對后來的研究者有幫助而導致其被引頻率較高。如果某期刊發表的論文中文獻綜述性文章所占比例較高，則其影響因子會明顯高于一般的研究性論文。這樣導致的影響因子高并不代表期刊真實的學術影響力，因此評價期刊時還應考慮到期刊中文獻綜述性文章所占的比例。

三、期刊類型的影響

自然科學類期刊大致可分為學術類期刊、技術類期刊、研究進展類期刊和科普類期刊4類。每一類期刊由于各自發表的論文類別不同，引用率與引用習慣各不相同，導致每類期刊間的影響因子差別較大。如能源類共有37種期刊，平均影響因子為0.275，其中8種學術類期刊（指該類別中的高校學報類，不含專業性學術期刊）的平均影響因子僅為0.181，其余的29種期刊（大多為技術類）平均影響因子則達到0.301。我們曾對中國科技期刊引證報告（2004年版）中的研究進展類期刊進行了不完全統計，20種綜述類期刊影響因子的平均值為0.523，遠高于該書統計的1576種期刊的平均影響因子。

四、刊文數量與作者數量的影響

期刊刊文數量越多被其他期刊引用的可能性就越大期刊的影響因子也就越高。但是，由于影響因子是被引用文章數與期刊發表文章總數的比值，所以期刊的影響因子受刊文數量的影響不大。期刊的作者數量則與影響因子成正比。因為科學研究具有繼承性，某一作者的研究方向一般是固定的，同一研究方向可能產生若干篇論文，后續文章大多參考作者本人已發表的論文，因此期刊的作者數越多，影響因子也越大。

五、統計時間段的影響

一般影響因子的統計時間段為2年。如果統計時間段取為5年，由于時間跨度大，又有很多因素影響期刊的引用次數，有可能導致期刊影響因子的排序發生變化。如期刊在某年發表一篇重要的論文被廣泛引用，若引用鼎盛期位于統計期內，則影響因子就大；另外期刊更名，在統計期較短的情況下可能使影響因子下降，但統計期較長時則不會產生太大的影響。

六、收錄樣本數量的影響

目前科技期刊影響因子的統計機構有2個，一是中國科技信息研究所，另一個是清華大學中國學術期刊光盤版電子雜志社和中國科學文獻計量評價研究中心。前者2004年的統計樣本期刊為1576種，后一種統計樣本為5716種。顯而易見，統計樣本越多，統計到的被引次數應該越多，影響因子也就越大。

七、編輯部引文動機的影響

由于多年來各科研和評價機構已把期刊的影響因子作為衡量期刊學術水平的重要指標，從而導致個別編輯部為了提高該指標而采用一些非正常手段，造成期刊的“聚引”和“爆引”。所謂“聚引”是指幾個編輯部之間達成協議，相互之間多引用彼此的文章；“爆引”是指編輯部無視作者的權利，在不經作者同意的情況下將本刊已經發表過的文章強行作為作者將要發表的內容相關的文章的參考文獻。因此，在對期刊進行學術評價時，不僅要參考影響因子，還要同時參考他引率和擴散因子等指標，以防止這種惡意引用現象的發生。

八、作者引文動機的影響

作者發表文章時一般參考自己先期發表的與之研究相關的文章，這是科研成果的繼承性決定的，也是可以理解的。但在目前對學術論文評價機制不太健全的情況下，尤其是有的單位將發表的論文被引用的次數作為對作者獎勵和晉級的指標，個別作者動機不純，同課題組間互相引用，甚至是與本研究不相關的也濫加引用，這有可能導致期刊影響因子的提高，但這種提高是不能說明期刊和其上的論文的學術水平的，且對凈化學術環境也是極為不利的。